Les services municipaux de Montaigu-Vendée sont organisés en 6 directions, elles-mêmes déclinées en services.
La gestion administrative de la commune nouvelle est organisée, sous la direction de Maxime Fruchet, Directeur Général des Services, en 6 directions générales adjointes elles-mêmes déclinées en services. L’organisation générale est mutualisée avec la Communauté d’Agglomération Terres de Montaigu.